Bộ 1: Chiến tranh hắc ám

Bộ 1 của Monshō no Nazo chính là bản remake của Ankoku Ryū to Hikari no tsurugi, nhưng bản remake này khác với phiên bản Shin Ankoku Ryū to Hikari no ken. Các chương số 4, 9, 13, 18, 21 và các nhân vật shooter, Rifu phe đồng minh trong Ankoku Ryū to Hikari no tsurugi đã bị xóa đi trong bộ 1 của Monshō no Nazo. Vì thế, nội dung của chương 25 trong phiên bản Ankoku Ryū đã được chuyển thành chương 20, chương cuối cùng của bộ 1. Ngoài ra, bối cảnh đại lục Akania, Fire Emblem và long tộc Mamkut đều có ít nhiều thay đổi. Hệ thống nhân vật cũng có ít nhiều biến đổi, thêm mới so với trước. Tỷ suất gia tăng các chỉ số sức mạnh của nhân vật khi level up cũng gia tăng so với trước. Mặt khác, các chỉ số sức mạnh của phe địch được giảm xuống, người chơi có thể đầu hàng nếu thấy sắp thua trong đấu trường nên nhìn chung, Monshō no Nazo được đánh giá là dễ hơn so với Ankoku Ryū.Ở bộ 1, nếu người chơi có đầy đủ các nhân vật trong đội hình và không để chết bất cứ thành viên nào thì sau khi kết thúc chương 20 sẽ tự động chuyển sang bộ 2. Tuy nhiên, các chỉ số nhân vật đã xuất hiện ở bộ 1 không được giữ nguyên khi chuyển sang bộ 2 mà tất cả đều được reset lại theo mặc định của bộ 2.Nội dung của bộ 1 không khác gì so với nội dung của Ankoku Ryū ngoại trừ một số thay đổi trong cách gọi tên quốc gia và có giải thích thêm nguồn gốc, truyền thuyết của các nước ở bộ 2, thêm tên tuổi một số nhân vật không tên trong Ankoku Ryū. Chẳng hạn, vương quốc Akania được gọi là "thánh vương quốc Akania", đất nước được thần linh bảo hộ trong Monshō no Nazo; quốc vương đảo Taris giờ đã có tên là Mostin, quốc vương Akania đời thứ nhất là Adra;…

Bộ 2: Chiến tranh anh hùng

Một phần lớn nhân vật từng xuất hiện ở bộ 1 cũng xuất hiện ở bộ 2. Tuy nhiên, mức độ khó của bộ 2 cao hơn so với bộ 1 và ở bộ này, quân đồng minh không có nhân vật nào sử dụng búa rìu như bộ 1, đây cũng là lần đầu tiên binh chủng con hát xuất hiện. Số lượng Item, vũ khí có thể lấy được ở bộ này cũng nhiều hơn, những món Item đặc thù như ngọc sinh mạng, ngọc hắc ám cũng lần lượt được giải thích và xuất hiện ở bộ 2. Giống như bộ 1, bộ 2 cũng bao gồm 20 chương nhưng nếu thỏa mãn được điều kiện nhất định (có ngọc ánh sáng và ngọc tinh tú) thì sẽ xuất hiện thêm 2 chương mới. Do đó kết thúc cũng khác nhau tùy thuộc vào việc có thỏa mãn điều kiện nên trên hay không. Nếu người chơi hoàn thành bộ 1 với đầy đủ quân số sẽ được chuyển tiếp sang bộ 2, sau khi hoàn thành bộ 2 sẽ xuất hiện niên biểu của đại lục Akania.

Nội dung bộ 2 xoay quanh việc các nữ tu mang dòng máu cao quý của các vương gia mất tích. Mở đầu bằng việc Hoàng đế Hardin sau khi lên ngôi đã lệnh cho Aritia xuất binh chinh phạt Grunia, bộ 2 dần dần tiết lộ nhiều bí mật khủng khiếp liên quan đến Hardin và ngọc bóng tối, tư tế Garnef. Nếu thỏa mãn điều kiện người chơi có được ngọc ánh sáng và ngọc bóng tối, sau khi đánh bại Hardin ở chương 20 thì 2 chương cuối cùng sẽ xuất hiện. Hoàn thành 2 chương này mới được xem là kết thúc thực của game.